牡丹的应用最早是从药用开始的。《神农本草经》中已有记载。药用部分是牡丹的根皮，称为丹皮，含有多种药用成分，主要药用部分是牡丹酚（C9H10O3），牡丹酚甙、牡丹酚原甙、芍药甙，并含挥发性及植物甾醇等，以安徽铜陵凤凰山生产的丹皮最佳，另有四川垫江、安徽亳州、山东菏泽等处多产丹皮。
丹皮具有抗菌消炎、镇静镇痛、降血压、抗痉挛、清热化瘀等功效，还具有防腐功能，是名贵的中药材。目前，应用丹皮已发明了几十个处方，同时，牡丹皮的药用研究在化学成分、药理作用等方面，取得了一定进展，其抗脉粥样硬化、降血压、降血糖、抗惊厥、保肝、利尿、抗菌消炎、心肌细胞保护，对血液流变性，对脑组织保护等作用已被实验研究所证实，为牡丹皮的进一步开发提供了实验依据。
牡丹花含有丰富的营养物质，有很高的药用价值和食用价值。目前，食牡丹花现象随处可见已日渐成为一种时尚，并形成了许多配方，牡丹花做成牡丹饮料、牡丹花茶、牡丹花酒、牡丹酱及牡丹鲜花糕点，食用不仅有保健功能，而且可食用花香浓郁的花瓣。经过多年摸索，已制定出完善的配方和完备的工艺流程。目前牡丹鲜花月饼及牡丹酱已批量生产。
1、牡丹花饮料：是一种纯天然的牡丹花汁饮料，不添加任何色素和防腐剂，以鲜牡丹花发酵液和浸渍液加适量蔗糖，蜂蜜及柠檬酸经特殊工艺制作而成。
2、牡丹花茶：以牡丹花为原料，开发出的牡丹花茶具有美容、安神、养血、调经、降压之功效，对中老年人特别是妇女保健尤为有益。
3、牡丹花酒：以牡丹鲜花，多种鲜果为原料，佐以蔗糖、蜂王浆，经多年发酵精制而成，花香浓郁，清醇可口，营养丰富，数酒中珍品，牡丹液可做牡丹鲜花酒，以牡丹鲜花为原料，配以清纯的粮食酒，工艺简单，操作方便，既可喝到花香浓郁的花瓣酒，又可欣赏到艳冠群芳硕大的各色牡丹花瓣。
4、牡丹酱及糕点：牡丹鲜花中富含高效生物活性物质，加工后可做成牡丹酱食用，还是制作糕点的重要原材料和佐料。采用直接的牡丹鲜花瓣，经清洗，沥干水分水分，揉搓等工序，加糖，发酵后做成牡丹酱，可直接食用。也可做成中秋节常吃的牡丹月饼，牡丹糕点等。