培养基的营养条件最有利于细菌和真菌的繁殖，因此为防止污染，在培养基配制好后应及时灭菌。灭菌多用手提式医用高压锅，用煤气或电炉加热，在气压指针上升至5时，放一次气或一直打开放气阀，继续加热至冒出大量热气，以排出锅内的空气，取而代之的是水蒸汽。在高压锅内的温度达到120℃和1.1公斤／厘米2压力时，灭菌15-20分钟，以后切断电源，使锅内压力慢慢减下来，直到接近于O，这时完全打开放气阀，排出剩余蒸汽，打开锅盖取出培养基。
消过毒的培养基通常置于10℃下保存，特别是含有生长调节物质的培养基在低温(4-5℃)下保存更好些。多数情况下培养基应在2周内用完，最多不应超过1个月。
