“重庆南山植物园”管理处位于重庆市南岸区南山，与重庆市中心渝中半岛隔江相望，海拔420米—680.5米，东西宽5000米，南北长3500米，面积551公顷。南山植物园北连放牛坪，南望春天岭，西邻纳溪沟，纵横10余座山峰。园内山峦起伏，峰岩秀丽，林木葱茏，百花争艳，素有“绿色屏障”、“重庆氧吧”、“山城肺叶”、“山城花冠”等美誉。 从1998年由重庆市计委正式批准立项，自1999年开始建设重庆南山植物园以来，自然植物景观更加优美，现代园林精品不断增多，逐步地由一个“以森林为基础，以花卉为特色”的综合性城市公园成功转向为“以收集我国亚热带低山植物种质资源，以观赏植物专类为中心进行物种保护、收集、栽培，集科学普及、科学研究和园林艺术布置为一体的低山观赏性植物园”。
植物园内包括：
中心景观园：它是南山植物园中心园区的核心部分。绿地面积约35000平方米，水体和湿地面积约2500平方米，绿化率约66％。中心景观园在植物景观施工上十分注重原有植物、历史建筑、地形地貌和水体的保护，特别是大树保护，对涉及的575株大树进行了精确定位测量，就地保护大树423株，迁地保护152株，新种植植物110多种。
蔷薇园：位于重庆南山植物园中心区，是南山植物园专类观赏植物园区十六个专类园之一，占地176亩，是在原南山公园白兰园基础上改建、扩建而成。
梅园：南山种植梅花历史悠久，是重庆市主要的梅花基地。梅园位于蔷薇园东南面，与蔷薇园紧密相连，占地面积70亩。梅园共分两大区：梅花区和森林游憩区。梅花区以观赏梅花为主，汇聚全国80余种梅花品种，1500余株梅花，既展示腊梅傲然凌霜的气质，更体现红梅千姿百态的娇艳。景区内配置植物120种，5000多株，设有“红梅赏”、“岁寒三友”、“凌寒迎春”等主要景点，修建有“清风致爽”、“涵翠亭”等亭廊。有文人墨客的匾额、诗碑十余处，其中尤以毛泽东手迹的“咏梅”诗碑为最，碑高3米，宽2米用花岗石烫金字雕刻而成，碑体气势磅礴，字苍劲犀利，让人油然起敬。森林游憩区以养身、休闲为主，在保持原有山林野趣的同时，新建游道2800余米，其间点缀座椅、亭廊，有“晚岁寒馨”、“雅韵清香”、“林下听涛”等景点，古朴典雅、清幽静谧。
盆景园：重庆南山盆景园是继2000年的蔷薇园、2001年的兰园、2002年的梅园、2004年山茶园之后的第5大园，2005年正式对外开放。南山盆景园是南山植物园中心园区核心景点，北以跨公路桥连兰园，东南过南山小学谷石桥连蔷薇园。1999年由原南山公园炼铁坝苗圃扩建而成，面积30余亩，是收集、制作、保存和展示重庆及全国各大流派盆景精品的盆景专类观赏园。除了几代南山人亲手培植的各类盆景外，更收集了我国各地的大小盆景数千株，还林立着10余个大型地景，加之名人题刻、诗词对联，无不显现出深厚的文化底蕴，将盆景园演绎得熠熠生辉。
兰园：位于重庆南山植物园中心区，紧邻蔷薇园，是南山植物园专类观赏植物园区十六个专类园之一，占地面积30亩，是在原南山公园兰草园基础上改建、扩建而成，各景点由重庆园林建筑规划设计院周延文、王苹，南山乔本铁、邓一、卢抗迈等多次设计施工完成。于2001年2月正式对外开放迎接游客。园内林木葱郁，植被丰富，叠石水景，流水潺潺，环境幽静，鸟语花香，现种植兰科植物8000余盆兰花约百余个品种，其中不但有朱德委员长二十世纪六十年代题送的墨兰、剑兰、大雪兰等7种名贵兰花，还引进了蝴蝶兰、卡特兰、虎头兰、大花蕙兰等近20个品种800余盆热带兰，并建有温室，配有专人养护管理。
山茶园：南山山茶园位于海广公路公园路段北侧，东邻兰园，西接大金鹰园，西跨公路桥连盆景园，占地7公顷，在原梅桂圆基础上建成。山茶园处于植物园核心景区，占地105亩，2004年2月28日开园。建成后的南山山茶园是重庆市最重要的茶花栽培基地。
另外还建有博物馆、图书馆和标本馆。
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